PHARMACOPHORE IDENTIFICATION

Identifikasi farmakopor

Farmakofor adalah susunan tiga dimensi dari atom dalam molekul obat yang memungkinkan untuk berikatan dengan reseptor yang diinginkannya dan bertanggung jawab dengan respon  biologis karena terikat dengan reseptor yang dikehendakinya

Definisi resmi dari IUPAC, 1998:

"Farmakofor adalah sekumpulan fitur sterik dan elektronik yang penting untuk menjamin interaksi supramolekular yang optimal dengan struktur target biologis yang spesifik  dan untuk memicu atau menghambat respons biologisnya".
Farmakofor sendiri tidak mewakili molekul ataupun gugus fungsi, tetapi lebih pada konsep abstrak pada kapasitas interaksi molekuler

Farmakofor merupakan deskripsi abstrak dari fitur molekul yang penting untuk rekognisi molekul ligan berdasarkan fungsi makromolekul biologisnya. Menurut (IUPAC), framakofor merupakan ensembel fitur sterik dan elektronik yang diperlukan untuk memastikan interaksi supramolekuler interaksi yang optimal dengan struktur biologis target yang spesifik dan untuk memicu atau memblok respon biologisnya. Farmakofor tidak merepresentasikan kondisi nyata molekul atau asosiasi gugus fungsional secara nyata, namun merupakan konsep abstrak yang berhubungan dengan kapasitas interaksi molekuler secara umum dari kelompok senyawa berkaitan dengan struktur targetnya. Farmakofor dapat didefinisikan sebagai denominator umum terbesar yang ditunjukan oleh set molekul yang aktif.

Identifikasi farmakofor

·         Menentukan posisi 3D obat dengan target

·         Mengetahui gugus penting dapat terikat dengan reseptor

·         Untuk mengetahui konformasi aktif dari molekul

·         Penting sebagai dasar merancang obat penting dalam hal menemukan obat baru

Struktur dua dimensi farmakofor

Mendefenisikan kerangka minimum yang menghubungkan kelompok pengikat penting.

Contoh : Morphine

Analog Morphine : Metazocine dan Levorphanol

Struktur tiga dimensi farmakofor

Mendefinisikan posisi relative di ruang kelompok pengikat penting. konformasi aktif diadopsi oleh suatu obat ketika terikan tengan site target. identifikasi konformasi aktif dilakukan untuk mengidentifikasi farmakofor 3D. Ada beberapa ikatan yang dapat di identifikasi berdasarkan struktur 3 dimensi suatu molekul, yaitu :

Ikatan Van der Waals :

ialah gaya tarik-menarik antara atom atau molekul, dimana gaya ini relatif jauh lebih lemah dibandingkan gaya yang timbul karena ikatan valensi dan besarnya gaya ini ialah 10^-7 kali jarak antara atom-atom atau molekul-molekul. Gaya Van Der Waals terjadi akibat interaksi antara molekul-molekul non polar (Gaya London), antara molekul-molekul polar (Gaya dipole-dipol) atau antara molekul non polar dengan molekul polar (Gaya dipole-dipol terinduksi). Ikatan Van Der Waals terdapat antar molekul zat cair atau padat dan sangat lemah. Gaya Van Der Waals dahulu dipakai untuk menunjukkan semua jenis gaya tarik-menarik antar molekul. Namun kini merujuk pada pada gaya-gaya yang timbul dari polarisasi molekul yang terlemah menjadi dipole seketika. Pada saat tertentu, moleku-molekul dapat berada dalam fase dipole seketika ketika salah satu muatan negative berada di sisi tertentu. Dalam keadaan dipol ini, molekul dapat menarik atau menolak electron lain dan menyebabkan atom lain menjadi dipole. Gaya tarik menarik yang muncul sesaat ini merupakan gaya Van Der Waals.

Ikatan ion 

merupakan suatu ikatan yang terjadi pada atom yang memiliki muatan yang besarnya sama tapi mempunyai muatan yang berlawanan tanda. Ikatan ion terbentuk sebagai akibat adanya gaya tarik menarik antara ion positif dan ion negatif. Ion positif terbentuk karena unsur logam melepaskan elektronnya, sedangkan pada ion negatif terbentuk karena unsur nonlogam menerima elektron. Ikatan ion terjadi karena adanya serah terima elektron. Atom-atom membentuk suatu ikatan ion karena masing-masing atom ingin mencapai keseimbangan/kestabilan seperti struktur elektron gas mulia. Contoh yang paling umum dari ikatan ion yaitu  pembentukan natrium klorida di mana sebuah atom natrium menggabungkan dengan atom klorin.

Ikatan hidrogen 

adalah gaya tarik antar-molekul yang terjadi antara atom hidrogen yang terikat dengan atom sangat elektronegatif (N, O, atau F) dan pasangan elektron bebas dari atom sangat elektronegatif lainnya. Ikatan ini muncul sebagaimana ikatan N—H, O—H, dan F—H bersifat sangat polar, di mana muatan parsial positif pada H dan muatan parsial negatif pada atom elektronegatif (N, O, atau F). Sebagai contoh, ikatan hidrogen terdapat pada antar molekul H₂O dan antar molekul NH₃

 sumber :

http://www.gurupendidikan.co.id/ikatan-ion-pengertian-ciri-dan-syarat-terjadinya-beserta-contohnya-lengkap/

http://kreatifitasbelajar.blogspot.co.id/2013/05/bismut.html

http://www.studiobelajar.com/ikatan-hidrogen/

https://id.wikipedia.org/wiki/Farmakofor

1.    Apa yang dimaksud dengan konformasi aktif 

2.    Apa contoh dari ikatan van der waals

3.    Bagaimana cara menentukan ikatan antara gugus dengan molekul obat?

4.    Mengapa posisi 3D obat atau farmakofor penting untuk diketahui